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替代性修复责任在生态环境公益诉讼领域适用较为广泛，其解决了因客观原因不能对受损环境予以修复的窘况，但在司法实践中却因以传统民法“恢复原状”为解释范本，导致其适用范围、适用方式受到限制。从各地检察机关创造性提出的替代性修复建议内容及诉讼请求来看，总体呈现出如下特征：一是主要以金钱赔偿作为替代性修复责任承担的主要方式。《最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》第20条将修复责任划分为直接责任与替代性责任。由于直接以金钱赔偿的方式承担替代性修复责任简单易行，且不需要对各种修复方案的可行性进行论证，因此在实践中适用较为广泛。但这种“一赔了之”的做法存在以下问题：一方面，过高的惩罚性赔偿会超出责任人的能力范围，出现履行不能的情形；另一方面，金钱赔偿在纳入地方财政的同时，缺乏法定的支出程序，无形中增加将该项资金用于生态修复的难度。二是替代性修复方式缺乏详细的修复方案。除了金钱赔偿外，检察机关亦会主张违法行为人承担补植复绿、增殖放流等具体的行为举措。整体来看，该类案件建议内容及诉讼请求大多呈现出一种笼统、概括的情形，只是简单地对补植、放流数量进行了一定的限制。实际上，替代性修复责任的落实，需要科学、周详的修复方案，倘使方案不明确，则很容易导致生态修复责任目的落空。譬如：在增殖放流过程中如没有严格的监督机制，一旦放流不当，很可能会打破原区域生态平衡。三是建立检察公益诉讼生态环境修复基地成为趋势。对于受损生态环境无法修复的，在补植复绿后，检察机关积极探索建立检察公益诉讼生态环境修复基地，以实现集中修复、警示教育之目的。但是，如果检察机关不考虑受损生态环境的具体情况，一律通过在固定场所补植复绿等方式建立修复基地，则难免会影响替代性修复效果，不利于原受损生态环境的恢复。

从司法实践来看，目前关于替代性修复责任的适用情形尚未形成共识，主要包括如下两种情形：一是将替代性修复责任适用于造成永久损害的场域。即某一区域生态环境功能完全丧失，无法恢复或难以恢复。譬如：猎捕濒危野生动物，对生态环境造成的破坏具有不可逆性。二是将替代性修复责任适用于不具有修复能力的场域。在案件办理过程中，往往会遇到企业因赔付能力问题而不能对造成损害的生态环境进行修复，此时如果强制执行，则会使得企业难以存续，濒临破产，亦难以有效实现修复目的。因此，作为一种变通执行方式，替代性修复责任、分期履行等方式便成为应对违法行为人赔偿能力不足的最佳措施。该类案件主要针对赔偿数额巨大或赔偿能力不足的情形，通过磋商对履行方式进行灵活调整，以劳务代偿、技术改造等措施实现修复目的。据此，替代性修复责任的适用情形可概括为主观修复不能与客观修复不能，其主要针对的是造成永久损害的情形。

根据民法典第1234条与第1235条之规定，生态环境修复责任目标的实现是以修复活动的完成为要旨。直接修复讲究“同质恢复”，即是将受损生态环境恢复至受损前的状态，这是有效解决生态环境问题，贯彻修复优先理念的应有之义。因此，只有当受损生态环境不能直接修复时，才能采取替代性修复责任承担方式，即确立直接修复为主、替代性修复为补充的原则。实践中，一些案件通过直接修复的方式难以恢复至受损前的状态，此时检察机关需要结合案件的具体情况，充分考虑生态环境受损程度、违法行为人责任承担能力等，科学选定替代性修复措施，及时对生态环境修复状况进行预判，明确修复方案、修复标准及修复方式。具体而言，替代性修复在实践运用过程中需综合考量如下因素：一是替代性修复的目的在于实现对受损生态环境的补救。部分案件在确定责任承担方式时，会要求违法行为人进行巡河、参加宣传活动等，这些手段虽然会起到一定的警示教育作用，但并不能实现对受损生态环境的直接补救。在案件办理过程中，首先应当对违法行为人是否具有修复能力进行调查，倘若其具备直接修复或委托第三方代为修复的能力，则不应当要求其承担上述替代性修复责任，且应当遵循“异位同质—同位异质—异位异质”的顺位。二是替代性修复责任要着眼于区域生态环境整体功能。替代性修复责任作为一种补充机制，其主要作用在于实现对区域的替代性修复或服务功能的替代性修复。因此，在适用过程中应当关注替代性责任承担方式与区域生态环境的关联性，在选择修复区域时，应当尽量避免跨区域修复。三是明确替代性修复责任与金钱赔偿的关系。民法典第1235条规定了生态环境损害赔偿的具体费用，实践中公益诉讼案件亦大多采取了金钱赔偿的方式，但该类赔偿的性质到底是赔偿损失还是修复费用还需进一步甄别。从民法原理来看，修复费用并不等同于金钱赔偿，而是恢复原状所需的价值赔偿，即恢复原状的费用，因此金钱赔偿只能看作是修复费用的一种具体方式。此外，生态环境替代性修复责任案件成因复杂、涉及面广，对其进行修复往往需要一个较长的周期，需要检察机关及时跟进监督，定期进行回访，并要求违法行为人及时汇报修复情况。